Utworzenie nowej warstwy jest możliwe poprzez kliknięcie przycisku Nowa warstwa w lewej dolnej części okna. Jako, że Okno warstw nie jest specyficzne dla diagramu lecz dla aplikacji, należy wybrać w którym diagramie ma być umieszczona nowa warstwa. Aby to zrobić, należy wybrać w górnej częsci okna warstw diagram, który ma otrzymać nową warstwę a następnie dodać ją do tego diagramu.

Nowo utworzona warstwa zostanie umieszczona na wierzchu stosu i stanie się bieżącą warstwą wybranego diagramu.

Możliwe jest następnie modyfikowanie dowolnie wybranego nowego obiektu a także kopiowanie i wklejanie z innych warstw lub diagramów w podobny sposób jak przy działaniach przy diagramie z pojedynczą warstwą.

Warstwa zostaje aktywowana po jej wybraniu w Oknie warstw. Dokonuje się tego po prostu klikając nazwę warstwy w oknie, po czym zostanie ona podświetlona. Od tej chwili każda wprowadzona zmiana w diagramie dotyczyć będzie tylko tej warstwy.

	Można wybrać w jednym czasie tylko jedną warstwę. Tym sposobem można można wykonywać na niej dowolne działania bez wprowadzania zmian do innych warstw diagramu.

Obok przycisku Nowa warstwa w dolnej części Okna warstw, są umieszczone dwa użyteczne przyciski umożliwiające ustawienie kolejności na stosie każdej utworzonej warstwy.

Te dwa przyciski są używane do przenoszenia w górę lub w dół warstw w hierarchii. Przycisk ze strzałką skierowaną do góry przenosi aktywną warstwę w górę, zaś drugi służy do jej obniżania.

Ustalanie kolejności warstw może być użyteczne w przypadku ukrywania niektórych części obiektu za innym obiektem.

Gdy warstwa nie jest już potrzebna można ją usunąć. Po kliknięciu przycisku Usuń warstwę, usunięte zostaną wszystkie obiekty do niej należące. Oczywiście ta operacja będzie miała wpływ tylko na aktualnie wybraną wartstwę.

Wykonywanie tych działań jest dobrym sposobem na utrzymanie diagramu przejrzystym i jasnym w razie potrzeby eksportowania do innego formatu niż własny format programu Dia.

Należy zwrócić uwagę, że każdy stworzony diagram musi zawierać co najmniej jedną warstwę. Diagram nie zawierający ani jednej powinien być traktowany jako uszkodzony co z kolei uniemożliwia wyeksportowanie czy też zapisanie go do własnego formatu Dia.